丨计算范围丨

秉要执本丨事半功倍

01第一性原理计算常用软件QE/Quantum Espresso、CASTEP Linux、MS/Materials Studio、CP2K等，可计算内容包括但不限于：

①电子结构：电荷密度、电荷差分密度、态密度DOS、能带、费米能级、功函数、ELF等

②材料性质：介电常数、弹性模量、磁导率、热导率、界面热阻、声子谱等

③能量相关：吉布斯自由能、吸附能、掺杂能、缺陷形成能等

④催化相关：HER、OER/ORR、NRR、CO2RR等

⑤反应相关：反应路径、反应机理、迁移能垒等

⑥几何结构：键长键角二面角、晶格常数等

02量子化学计算常用软件ORCA、OpenMolcas、Gaussian、MS/Materials Studio、CP2K、ADF、BDF、Dalton等，可计算内容包括但不限于：

①分子性质：静电势、偶极矩、布居数、轨道特性、键级、电荷、极化率、电离势、自旋密度、Fukui函数等

②激发态反应：激发态结构确定、激发能、跃迁偶极矩、荧光光谱、磷光光谱、势能面交叉研究等

③弱相互作用：氢键、卤键、硫键、π-π堆积、盐桥、阳离子-π、疏水作用力等

④反应相关：稳态及过渡态结构确定、反应热、反应能垒、反应机理研究等

⑤光谱预测：红外、紫外吸收、拉曼、荧光、磷光、核磁谱、圆二色谱等

03分子动力学计算常用软件GROMACS、LAMMPS、CP2K、Forcite/Mesocite/MS、AMBER、NAMD等，可计算内容包括但不限于：

①动力学研究：生物体系的弱相互作用分析、受体-配体组装过程、结合自由能等，材料体系的高分子构象预测、材料与溶液界面性质、粗粒化模拟等

②动力学数据分析：轨迹分析RMSD/RMSF、径向分布函数RDF、扩散系数、各种能量分析、氢键数量分析、亲疏水性分析等

04药物筛选及设计常用软件AutoDock、DS/Discovery Studio、Schrodinger、AlphaFold、RoseTTAFold等，可服务内容包括但不限于：

①序列比对/绘图：序列比对分析活性位点、序列比对用于同源建模、序列比对分析氨基酸保守型、序列比对共进化分析、进化树建立/分析

②结构模建：蛋白同源建模、从头建模、REMD蛋白折叠建模、多肽建模、RNA建模、DNA建模、小分子结构优化

③分子对接：蛋白-蛋白、蛋白-DNA、蛋白-RNA、DNA-小分子、RNA-小分子、蛋白-小分子
④定量构效关系：2D-QSAR、3D-QSAR、HQSAR

⑤三维结构分析：蛋白、DNA及RNA三维结构预测，不同温度/pH/电压等条件下结构变化模拟

⑥相互作用分析：预测不同分子间结合自由能，分析药物结合大分子后对其二级结构影响，弱相互作用模式分析等

04仿真模拟及设计常用软件ABAQUS、ANSYS、COMSOL、FDTD、Fluent、Maxwell、OpenFOAM等，可计算内容包括但不限于：

①结构仿真：接触分析、非线性分析、振动/疲劳/传热/裂纹/碰撞分析等

②电磁仿真：电场、磁场、电磁耦合、磁热耦合、射频微波等

③流体仿真：多相流体、组分运输、流体传动、相变等

④光学/声学仿真相关

丨事项告知丨

有言在先丨防患未然

01请您务必在委托计算前认真阅读与计算体系/对象类似且内容相关的参考文献，阅读后能够做到以下3点：

①基本掌握本次项目所需的基础入门计算知识

②确切知晓通过本次项目想要达到的研究目的、需要解释的实验现象/数据等

③大概明确通过本次项目希望得到的数据/表格/图形（可以引用文献来说明）

02衷心倡导双方在计算细节讨论过程中“平等沟通、不懂就问”：您主攻实验、或有不懂的计算问题，我司擅长计算、也有不懂的实验问题，在不涉密的前提下，请“知无不言、言无不尽”，尤其是会影响计算结果的关键信息。如未提供，我司按照经验计算产生的结果和费用，请您自行承担，届时也请您不要以“我只做实验，又不懂计算”、“你们是专业做计算的，肯定能猜到我想得到什么”等借口敷衍搪塞、推脱责任

03真诚希望计算要求、计算模型、双方沟通协商的计算方案是在您深思熟虑后确定的，请您对自己的决定和委托合同负起责任；因为超算机时是硬性成本开支（类似于做实验需要先购买设备、耗材），是花了真金白银租赁购买的，一旦计算任务提交到超算中心，机时就在消耗，人民币就在燃烧

04请您理解并予以配台：若计算结果未达到您的预期目的/想要解释的现象，仍会收取部分费用，包括计算任务消耗掉的超算机时费、酌情少量收取的人工咨询费（类似于做实验失败，但设备已有使用损耗、实验耗材已消耗）；天下没有免费的午餐，科学研究也没有白走的弯路，一切尝试都是有代价的，一切努力都是值得的

05免费解答审稿意见中的计算部分，可语音交流，但不负责写回复信，若依照审稿意见还需新增相关或其他内容计算，则视为新增项目，项目周期和费用需要重新核算

06出于科研需要，在收到项目回款后可提供计算输入/输出文件，但不指导计算软件的上手操作和答疑解惑

07作为计算代算需求对接服务平台，我们始终是：

①有职业道德：客户个人信息、委托项目情况、科学研究内容、现有研究成果等资料数据严格保密，所产生的计算数据/研究成果归客户所有

②有回款账期：请您在收到数据/发票1个月内处理好报销审批，因为超算机时要买、经营贷款要还、人员工资要发、房租水电要缴，谢谢理解